为进一步发挥“河(湖)长+检察长”联动作用，昆明市河(湖)长制工作领导小组办公室，与昆明市人民检察院制定并出台了《昆明市“河(湖)长+检察长”协作机制实施办法(试行)》(以下简称《办法》)。《办法》的出台，标志着昆明市河(湖)长制工作领导小组办公室和昆明市人民检察院，共同建立了重要工作协同推进、重大案件联合督导、线索相互移送、调查取证协作、支持检察监督工作等工作机制。
《办法》旨在全面落实河(湖)长制工作领导小组办公室、检察机关在服务保障河湖管理保护方面的法律监督责任，以加强水资源保护、水域岸线管理保护、水污染防治、水环境治理、水生态修复、执法监督为主要任务，探索构建协调有序、监管严格、保护有力的河湖生态共建共治管理机制，共同推动河湖生态保护工作取得新进展。
《办法》从总体要求、工作机制和组织保障3个方面作出相应规定，明确了重大案件联合督导机制，对于上级交办、转办、督办的重大案件及媒体曝光、涉及面广或跨行政区域的涉河湖公益诉讼案件，可由检察机关与同级河(湖)长办进行联合挂牌督办，督促相关单位和人员落实责任，强化问题整改。联合督导机制的确立，解决了以前相对“单打独斗”的局面，对问题的解决有了更好的参考和抓手。
在协同领导机制层面，《办法》规定重要工作协同推进，河(湖)长办在制定年度工作计划或研究部署重大工作时，应当邀请同级检察机关派员参与或征求同级检察机关意见，强化执法、司法联动，形成河湖保护治理合力，有效推动河湖管理保护见实效。
《办法》还建立了公益诉讼案件线索移送和办理情况通报反馈机制，当工作领导小组成员单位在履职中，发现有损国家利益和社会公共利益的案件线索，应当及时移送同级检察机关。同理，当检察机关在办理有重大影响、敏感的河湖公益诉讼案件时，应当及时通报反馈给同级河(湖)长办。
《办法》还从协作互助及常态化工作联系、强化公益诉讼和重大情况通报及舆情应对3个方面作出具体规定。
