近年来，玉溪市围绕抚仙湖、星云湖和杞麓湖保护治理，统筹实施精准有效的湖泊保护治理措施，把源头治理作为“湖泊革命”的核心任务，推动湖泊保护治理从“末端治理”向“源头减污、源头控污、源头截污”转变。
着力转方式、调结构、严管控，防治农业面源污染。2021年“三湖”流域种植环境友好型作物22.69万亩，蔬菜种植同比减少5.61万亩，化肥、农药使用量同比分别减少2.61%、1.29%。今年以来，“三湖”共完成环境友好型作物种植26.15万亩，调减蔬菜种植3.02万亩，推广测土配方施肥24.79万亩，有机肥替代部分化肥8.76万亩、绿色防控125.44万亩次。
坚持因地制宜、分区分类、精准治理，治理城乡生活污水。抚仙湖全流域截污治污及健康水循环项目总体完工，目前正查缺补漏;星云湖流域9个截污治污工程，目前完工1个、开工4个、未开工4个;杞麓湖流域7个截污治污工程已开工6个、1个正开展前期工作。“三湖”累计收处泔水8388吨。抚仙湖流域1801户餐饮经营户全部集中收处，星云湖流域1158户餐饮经营户有650户集中收处，杞麓湖流域1051户餐饮经营户有814户集中收处。
分区管控畜禽养殖污染。“湖泊革命”开展以来，抚仙湖流域2779户零星畜禽养殖已全部退出;全面管控星云湖流域6009户规模和零散畜禽养殖，推动233户畜禽散养户集中养殖，目前正在开展禁限养区优化调整工作;杞麓湖流域已完成禁限养区优化调整，禁养区累计退出养殖户709户。星云湖、杞麓湖流域分别累计集中收处畜禽粪污16.66万吨、9.89万吨。
综合整治入湖河道。加快实施“三湖”主要入湖河道水质提升工程，10个入湖河道综合整治项目启动建设9个，制定窑泥沟、周官河、渔村河等7条主入湖河道脱劣方案。排查各类入湖河道排口1493个，正在分类分批进行封堵。深入推进“厕所革命”，完成沿河207处公厕和垃圾池排查整治。
完善湖外农业用水循环工程。抚仙湖西线提水管道建成投运、东线完成各类型管道安装4396米，调蓄带抽提水88.06万立方米;星云湖工程完成各类型管道安装9610米，调蓄带抽提水137.5万立方米;杞麓湖工程完成工程总承包招标，调蓄带抽提水84万立方米，有效防止调蓄带污水入湖。
