银行金融机构体系方面
从国有商业银行的角度看，商业银行的运行机制导致对民营企业服务难。国有商业银行长期担负着为国有经济提供金融服务的任务，把在国民经济中占主导地位的国家基础产业、支柱产业、大型企业等作为服务重点。而对民营企业普遍采取歧视态度，即所谓的所有制歧视。国有商业银行经营追求安全性和收益性，对民营企业的不信任使得其不愿意向民营企业提供融资。国有商业银行机制也缺乏灵活性，信贷经营体制改革反而提高了对中小民营企业的融资门槛。
非银行金融机构体系方面
目前，我国证券市场的重点主要是扶持国有大中型企业上市融资，基本上未向民营企业开放。我国《公司法》规定：上市公司股本总额不得少于5000万元，公司经营必须符合国家的产业政策改革，从严控制一般加工业和商品流通企业。而绝大部分民营企业受各种条件的影响，与《公司法》规定的上市条件相差甚远，自然被股票市场拒之门外。我国债券市场也基本上未向民营企业开放，大部分民营企业不具备发行企业债券和公司债券的资格与条件。
对民营企业还存在一些制度的歧视也阻碍了民营企业的项目融资拓展
由于长期受计划经济和传统意识的影响，金融部门对民营企业还是避而远之，怕出问题受牵连。同样数额的不良融资，融资对象如果是国有企业，银行工作人员可以不承担责任，如果是私营企业就可能被司法机关追究。出于对融资责任的担心，在具体操作中就表现为尽量限制对民营企业的融资数额，融资手续繁杂、抵押条件苛刻，对抵押品要求过严、抵押率过低。此外，在国家有关政策上也存在着明显的所有制歧视，这种政策性歧视也在很大程度上影响了民营经济融资渠道的拓展。
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